最終評価書では、発ガン促進作用が問題となったキリンウェルフーズ製の製品も含め、さまざまな試験を行った結果「問題となる遺伝毒性（発ガン性）はないと判断した」としながらも、「厚労省から提出された資料ではデータ不足で安全性について食品健康影響評価を行うことは困難」と結論付けている。

また、厚労省から提出された資料に、ガン治療患者がアガリクス製品を摂取して肝障害を起こした可能性を示唆する事例が確認されていることなどを根拠に、厚労省に情報収集など継続的な対応を求めている。

　パブリックコメントの募集では「『人の健康を損なうおそれがない旨の確証は得られていないことから……』というのは、世の中に存在するすべての食品・農産物に該当する。『アガリクス』ひいては健康食品全般を排除するための試験経緯・議論ではないか」「現在、アガリクスによる重篤な健康被害が起こっていない現状を鑑み、喫緊に『終結宣言』を出すべき」「いかなる国の規制当局においても、（スクリーニング試験に過ぎない）この試験系からの結果を採用することはあり得ないのではないか」「肝障害事例について、アガリクスとの因果関係が証明されていないにもかかわらず、すべてのアガリクスに問題があるかもしれないととらえられる表現は修正すべき」など、寄せられた計１７件の意見のうちのほとんどが、行われた一連の試験や経緯、評価書の内容について異議を唱えるものであったが、結論に影響を与えなかった。

厚労省では、この評価書を受け、「ひとまず評価書をいただいた段階。できるだけ早い時期に、有識者・専門家らによる何らかの会合を開催し、厚労省としてのスタンスを決めたい」（新開発食品保健対策室）と話している。